La ciudad se encuentra sobre aproximadamente 200 cañones profundos y colinas que separan sus mesas, creando pequeños espacios naturales abiertos esparcidos por toda la ciudad y dándole una geografía montañosa. El río San Diego atraviesa el centro de San Diego de este a oeste, creando un valle fluvial que sirve para dividir la ciudad en segmentos norte y sur. El clima de Diego se caracteriza por veranos cálidos y secos e inviernos suaves, y la mayor parte de la precipitación anual cae entre diciembre y marzo. La ciudad tiene un clima templado durante todo el año.